Zbog pastoralnih potreba msgr. Marko Culej i Prezbitersko vijeće varaždinske biskupije donose odluku 1. ožujka 1999. godine o osnivanju nove župe Sv. Jelene Šenkovec uz suglasnost župa Sv. Nikola Čakovec i Sv. Juraj na Bregu. Granice župe su mjesta Šenkovec i Knezovec koje broje 2750 stanovnika. Šenkovec ima 2350 stanovnika, a Knezovec oko 400 stanovnika. Do tog događaja Šenkovec ima dva sakralna prostora:
- SVETIŠTE SV. JELENE I MAUZOLEJ ZRINSKIH
- KAPELICU PRESVETOG TROJSTVA
Župa počinje djelovati iste godine 29. kolovoza kad za župnika dolazi vlč. Vladimir Kolarić. U početku misna slavlja odvijala su se u kapelici Presvetog Trojstva u Bedekovićevoj ulici, odmah od početka vjernici se okupljaju na molitvu krunice i svetu Misu.
Pošto je kapelica bila premala za nedjeljna misna slavlja, Općina Šenkovec daje svoj prostor, a vrlo brzo i dio vrtića koji postaje bogoslužni prostor kroz dvije godine. 16. svibnja 2002. godine doselili smo se u bivši sportski dom, koji je naša Varaždinska biskupija otkupila za bogoslužni prostor, a to će biti budući župni ured i stan za župnika, a Općina Šenkovec darovala je dio igrališta za izgradnju župne crkve.
Na hvalu i slavu Presvetog Trojstva, na blagdan zaštitnice župe Sv. Jelene, 22. svibnja 2002. bi blagoslovljeno gradilište i položen kamen temeljac za župnu crkvu Sv. Jelene u Šenkovcu.
Gradilište i kamen temeljac blagoslovio je za vrijeme svoga biskupovanja msgr. Marko Culej, prvi varaždinski biskup, za Petrova nasljednika pape Ivana Pavla II, za vrijeme predsjednika Republike Hrvatske gosp. Stjepana Mesića i za župnika Vladimira Kolarića.
U temelje nove crkve ugrađena su dva kamena: jedan iz svetište Sv. Jelene, ostatak pavlinskog samostana u Šenkovcu a drugi kamen je blagoslovio papa Ivan Pavao II, 03. listopada 1998. u Mariji Bistrici na dan proglašenja blaženim Alojzija kardinala Stepinca.
Idejni projekt i projektnu dokumentaciju izradila je tvrtka ATEH d.o.o. iz Čakovca, dipl. ing. arhitekt Petar Stipišić, a izgradnja nakon provedenog natječaja bi povjerena građevinskoj tvrtki Međimurje Graditeljstvo d.o.o. iz Čakovca, zastupana po predsjedniku uprave dipl. inž. građevinarstva Goranu Kneževiću.